What were you doing last night? Co robiłeś ostatniej nocy?

też można, ale wydaje mi się, że różniłoby się minimalnie znaczeniem
wg mnie to pytanie z "doing" dotyczyłoby raczej czynności, która trwała długo, np. przez całą noc(past continuous)
a z "did" czegoś konkretnego krótkiego, gdyby trzeba było np.wyliczać czynności...(past simple)
czy ktoś potwierdzi jeszcze:)?

Można użyć pytania w Past Simple jak tak napisałaś czyli What did you do last night? . Zdanie w past simple oznaczałoby "Co zrobiłeś zeszłej nocy?" , continuous sugeruje czasownik niedokonany.