have been,had been, Kiedy sie ich używa?

Zacząłem uczyć się angielskiego i w ćwiczeniówce natknąłem się na takie czas albo formę i nie rozumiem jej. wiem tylko że to jest czas przeszły.

W książce pisze "To be w czasie przeszłym "

I have been- Ja byłem
You have been itd.
Przykład: Tom has been at school today. ten czas rozumiem

I had been- Był
It had been a nice day in Paris. To był ładny dzień w paryżu
The uncle had been in rome,Italy. Wujek był w romie,Włoszech.

Jak to jest? kiedy się używa have been, a had been? Te dwie formy czasami oznaczają to samo?
Nie mogę po prostu uzyć: The uncle Was in Rome,Italy.?