'They were ironing their clothes when I visited them,' she said

you were ironing

czas przeszły ciągły jest używany do sytuacji, gdzie jakaś czynność się ciągnęła w przeszłości i została przerwana przez inną czynność
i tak jest w tym przykładzie, oni prasowali (were ironing) kiedy ich odwiedziłem (I visited them)
czyli przeszły ciągły dla długie czynności przerwanej przez czynność opisaną przeszłym prostym

Podane przez Ciebie zdanie (nr 57) jest w grupie, która poprzedzona jest regółą:

"Past Continuous -> Past Perfect Continuous

Kiedy przekształcamy zdania w czasie Past Continuous na mowę zależną, zmieniamy czas na Past Perfect Continuous. Należy tu pamiętać, że formy przeszłe was/were zmieniają się na formę had been. Forma ciągła czasownika głównego pozostaje bez zmian."

Zwróć uwagę na ostatnie zdanie: "Forma ciągła czasownika głównego pozostaje bez zmian."

W tym zdaniu czasownikiem głównym jest "visit", dlatego ta część zdania jest bez zmiany: "when she visited you"

zatem masz rację, zdanie powinno brzmieć:

She said that you had been ironing your clothes when she visited you.

zgonie z podaną wcześniej regółą: "Należy tu pamiętać, że formy przeszłe was/were zmieniają się na formę had been."