Nie odróżniam Did you... Were you... Have you... Co wybrać? Kiedy?

zależy o co chcesz zapytać :) a konkretnie: o jaki czas ci chodzi :)

Did you - pytanie w past simple:
Did you have breakfast this morning? [wskazujesz konkretny czas]
Were you - pytanie w past continuous:
Were you having breakfast when I phoned? [czynność ciągła, podczas której coś się wydarzyło]
Have you - pytanie w present perfect:
Have you ever EATEN breakfast in bed? [pytanie o doświadczenie, czas nie ma znaczenia]

mam nadzieję, że to chociaż minimalnie wyjaśni twoje wątpliwości. niestety nie ruszysz dalej bez DOBREJ znajomości konstrukcji tych 3 czasów.

did you - chodzi o konkretny czas w przeszłości
have you - kiedyś w przeszłości

did you visit Paris (ktoś opowiada o wycieczce w tamtym roku po Europie, a ty pytasz, czy wtedy, podczas tamtej wycieczki odwiedził tez Paryż)
have you visited Paris (obojętnie kiedy, chodzi o to czy wogóle byłeś/byłaś w Paryżu)

Do znakomitych odpowiedzi moich Koleżanek i Kolegów chciałbym wkleić link, który porównuje dwa czasy gramatyczne a widzę, że Masz problem ze zrozumieniem ich.

http://www.t4tw.info/angielski/gramatyka/past-simple-vs-present-perfect.htm

Już coraz lepiej sobie radzę, trzeba dużo powtarzać. Dziękuję wszystkim za pomoc!

Happy Easter! :)