Jej ojciec był też jedynakiem - Had been czy Was

Odpowiadając na pierwsze pytanie: oba zdania są poprawne, jednak bez kontekstu ciężko odnieść się do prawidłowości zastosowania poszczególnego czasu. O różnicy między Past Simple a Past Perfect możesz poczytać tutaj: https://www.etutor.pl/lessons/en/b1/25/1/17755.

2 pytanie: wszystko zależy od tego, czy pragnienie/marzenie czegoś już minęło lub zostało spełnione czy jest nadal aktualne. W pierwszym przypadku można zastosować czas Past Simple ("I always wanted to...") a w drugim Present Perfect ("I have always wanted to..."). Aczkolwiek te konstrukcje bywają stosowane zamiennie. W amerykańskiej odmianie angielskiego można się spotkać z konstrukcją Past Simple w odniesieniu do teraźniejszości, jednak nie jest to reguła. Zdanie w Past Perfect zdecydowanie podkreśla, że stan rzeczy jest przeszły, bardziej przeszły niż konstrukcja w Past Simple ("I had always wanted to...").

Pozdrawiam ;-)